بررسی اثر اندازه جمعیت مرجع و تراکم نشانگرها در ارزیابی ژنومی جمعیت شبیه سازی شده گاو شیری

thesis
abstract

اهداف این رساله، بررسی میزان خطای امپیوت و تاثیر آن بر قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده (gebv) حیوانات جمعیت آزمون، زمانی که ژنوتیپ های 6000 نشانگر snp به الگوی 50000 نشانگر با استفاده از نرم افزار fimpute امپیوت می شوند و همچنین بررسی تاثیر توسعه جمعیت مرجع بوسیله تعداد متفاوت ماده-ها با الگوهای تراکم نشانگری مختلف در جمعیت شبیه سازی شده یک نژاد کوچک گاو شیری (جرسی) بر قابلیت اعتماد gebv بود. بر اساس جمعیت گاوهای جرسی دانمارک، جمعیتی از گاوهای شیری در ده تکرار، برای صفات تولیدی و عملکردی، شبیه سازی شد که هر تکرار شامل 20 سال رکوردبرداری از حیوانات موجود در هر تکرار بود. سالانه 60 گاو نر آزمون نتاج شده به هر تکرار (گله) افزوده گردید. تمام 900 راس گاو نر آزمون نتاج شده موجود در نسل یک تا هفده جمعیت با الگوی نشانگری k50 در تمام سناریوها در جمعیت مرجع استفاده شدند. حیوانات نسل های 18 تا 20 نیز به عنوان حیوانات جمعیت آزمون (3000 راس) انتخاب شدند. برای قرابت هرچه بیشتر به جمعیت آزمون، انتخاب ماده ها از نسل های 15 تا 17 صورت گرفت. سناریو انتخاب ماده ها و افزودن آنها به جمعیت مرجع به صورت 1000، 2000، 4000 و 8000 ماده k50 و 2000، 4000، 8000 و 16000 ماده امپیوت شده بود. در سناریو دیگری علاوه بر ماده های مرجع، حیوانات جمعیت آزمون هم به k50 امپیوت شدند. دقت امپیوت نشانگرهای ماده ها از k6 به k50 زمانی که 900 گاو نر به عنوان جمعیت معرف بودند با افزایش تعداد ماده ها، از 04/98 به 70/98 درصد افزایش یافت. کمترین دقت امپیوت به دست آمده برای جمعیت آزمون بود (9377/0) زمانی که جمعیت معرف تنها از 900 راس گاو نر k50 تشکیل شده بود و با افزایش ماده ها هم به جمعیت معرف و هم به جمعیت هدف، دقت امپیوت به ترتیب به 04/97 و 81/97 درصد افزایش یافت. نتایج نشان می دهد در تمام سناریوها، صرف نظر از صفت مورد مطالعه و تراکم نشانگرها اعم از k50 و امپیوت شده، با افزودن ماده ها به جمعیت مرجع، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات جمعیت آزمون افزایش می یابد و هرچه حیوانات جمعیت آزمون از جمعیت مرجع دورتر باشند، ارزش اصلاحی برآورد شده آنها از دقت و قابلیت اعتماد کمتری برخوردار خواهد بود. کمترین قابلیت اعتمادgebv زمانی که جمعیت مرجع تنها از نرها تشکیل شده بود به دست آمد و با افزودن 1000 ماده k50، gebv جمیت آزمون برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 13 و 11 درصد افزایش یافت. بالاترین میزان قابلیت اعتماد gebv برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 687/0 و 456/0 به دست آمد. این قابلیت اعتماد زمانی که حیوانات آزمون نیز امپیوت شده باشند تنها با اختلاف جزئی یک درصد به ترتیب 680/0 و 453/0 کاهش می یابند. بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل جمعیت آزمون زمانی حاصل می شود که برای صفات تولیدی به جای انتخاب 2000 ماده k50، 4000 راس گاو ماده امپیوت شده را به جمعیت مرجع افزود. با افزودن این تعداد، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی 4/15 درصد (423/0 در برابر 500/0) افزایش خواهد یافت و برای صفات عملکردی بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل 5/17 درصد بود زمانی که قابلیت اعتماد gebv 8000 ماده k50، 349/0 و قابلیت اعتماد gebv 16000 ماده امپیوت شده 423/0 به دست آمد.

similar resources

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

استراتژی‌های تعیین ژنوتیپ انتخابی گاوهای ماده در برنامه‌های انتخاب ژنومی با شبیه‌سازی جمعیت گاو شیری

زمینه مطالعاتی: افزودن اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی گاوهای ماده به جمعیت مرجع، راهبردی سودمند در افزایش میزان صحت و کاهش اریب برآورد ارزش اصلاحی ژنومی ارزیابی شده است. هدف: مطالعه حاضر تأثیر بکارگیری داده­های ژنومی گاوهای ماده در جمعیت مرجع توسط استراتژی­های متفاوت انتخاب، تعداد افراد ژنوتیپ شده و وراثت­پذیری بر صحت و اریبی ارزش اصلاحی ژنومی را در جمعیت تأیید مورد بررسی قرار داد. روش کار: پس از ای...

full text

تأثیر راهبرد‌های مختلف انتخاب حیوانات گروه مرجع بر درستی ارزیابی ژنگانی برای صفات با وراثت‌پذیری متوسط در جمعیت گاو شیری

یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف‌ترین حیوا...

full text

شبیه سازی جمعیت اولیه (تاریخی) و تعیین صحت عدم تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه سازی ژنومی

جهت بررسی صحت عدم­تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه­سازی ژنومی، جمعیتی در دو حالت عدم­تعادل پیوستگی صفر و یک در نسل اول شبیه سازی شد. از معیارهای اندازه مؤثر جمعیت، میزان عدم­تعادل پیوستگی و واریانس بین نشانگرها جهت تعیین صحت شبیه­سازی استفاده شد. نتایج نشان دهنده همبستگی بالا بین اندازه مؤثر جمعیت مشاهده شده و مورد انتظار بود. همچنین میزان عدم­تعادل پیوستگی مشاهده شده و مورد انتظار بر هم منطبق شدن...

full text

تأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ژنومی روش‌‌های پارامتری

افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ارزش‌‌های اصلاحی ژنومیک روش‌‌های پ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023